Alors que d'étranges personnes venues d'autres monde apparaissent un peu partout dans Hyrius, les choses changent dans l'Empire. Une jeune femme, Yahely, s'est emparé du pouvoir par un habile coup d'état.
Pendant ce temps, une organisation révolutionnaire, Chronos, apparait pour détruire l'Empire. Composée d'un groupe d'assassin d'élite, Chronos est dérigé par une autre femme, Eiluna.
Voyant le chaos qui se propage sur Hyrius et la misère dans laquel vivent les moins bien lotis, Makenshi et Kaze, deux hommes mystérieux aux pouvoirs étranges et apparut lors de la destruction du termple, fondent leur propre groupe, Utopia afin de tenter rétablir l'ordre. Kaze oeuvrant dans l'ombre, son appartenance à Utopia étant inconnue au sein même du groupe.